因應氣候變遷，農作物生產已由露天移到設施內進行栽培、管理與收穫，顯見農業設施其重要性。為整合農業設施業者產銷能力，加強國內業者農業設施技術交流，及促進產業永續發展，於105年8月6日向內政部全國性社會團體申請成立「台灣農業設施協會」，期間經章程草案的補正資料及目的事業主管機關的修正意見，內政部中華民國106年1月11日台內團字第1061400078號函，准予籌組「台灣農業設施協會」，籌備會依函規定程序進行籌組。

於106年2月25日（六）召開完成台灣農業設施協會發起人暨第1次籌備會議，推舉艾群教授擔任籌備會主任委員，並推選出15位籌備委員，會議中完成章程草案審查、決定入會申請手續、申請格式及公開徵求會員等。

106年4月1日（六）召開第2次籌備會議，會議中完成審定會員名冊、擬定年度工作計畫、經費收支預算表、決定理監事選票格式及決定成立大會日期。於106年5月20日（六）召開台灣農業設施協會成立大會，並選舉第一屆理監事，會後召開第一屆第一次理監事聯席會議，選舉出台灣農業設施協會第一屆理事長 黃裕益教授，並聘任連振昌教授擔任協會秘書長。

內政部中華民國106年7月5日台內團字第1060042629號函，准予台灣農業設施協會立案。於106年7月14日財政部南區國稅局辦理協會設立登記申請，統一編號：47926853。